พระพุทธศาสนาและฮินดูเจริญรุ่งเรืองควบคู่กันมาโดยตลอด ในขณะที่ฮินดูยังคงอยู่ในสังคมอินโดนีเซียโดยเฉพาะมีอิทธิพลมากที่เกาะบาหลี ในขณะที่พระพุทธศาสนาได้เลือนหายไปจากสังคมเหลือไว้เพียงโบราณสถานต่างๆและเจติยะเล็กๆอีกเป็นจำนวนมาก
คำว่า “เจติยะ”กับ “จันดี” ต่างกันอย่างไรนั้นได้สอบถามอุบาสิกาท่านหนึ่งที่วัดพุทธเมตตา จากาต้า ได้เล่าให้ฟังสั้นๆว่า “เจติยะเป็นสถานที่เล็กๆคล้ายๆกับศาลากลางบ้านใช้เป็นที่ประกอบพิธีกรรมเช่นสวดมนต์ นั่งสมาธิสำหรับชาวพุทธในหมู่บ้านหนึ่งอาจมีเจติยะหลายแห่ง บางคนมีเจติยะประจำตระกูลก็มี ส่วนจันดีนั้นหมายถึงเจดียองค์ใหญ่ไม่ใช่ที่อยู่แต่เป็นศาสนสถาน ดังนั้นจันดีจึงมีขนาดใหญ่กว่าเจติยะเช่นจันดีบูโรบูดูร์ จันดีปะวอน จันดีเมนดุต จันดีพราหมณันเป็นต้น
ภายหลังจากที่พระพุทธศาสนาได้เลือนหายไปจากอินโดนีเซีย แต่ก็ยังมีชาวพุทธส่วนหนึ่งพยายามรักษาธรรมเนียมชาวพุทธโดยการสวดมนต์ตามเจติยะต่างๆซึ่งมีอยู่จำนวนมากทั่วประเทศ มีพระภิกษุสงฆ์จากศรีลังกา พม่า เดินทางเข้าไปเผยแผ่พระพุทธศาสนาเพื่อให้ฟื้นฟึ้นมาอีกครั้ง แต่ก็ยังไม่ค่อยประสบความสำเร็จมากนัก
จนกระทั่งปีพุทธศักราช 2512 พระชินรักขิตหัวหน้าชาวพุทธในประเทศอินโดนีเซียขณะนั้น ได้เดินทางเข้ามาประเทศไทย และพักที่วัดบวรนิเวศวิหาร ได้มาทบทวนถึงเรื่องการขอให้คณะสงฆ์ไทยออกไปช่วยฟื้นฟูพระพุทธศาสนาในประเทศอินโดนีเซียอีกครั้งหนึ่ง ดังที่ได้เคยปรารภไว้กับพระสาสนโสภณ (สุวฑฺฒนมหาเถร) เมื่อครั้งเยือนอินโดนีเซียครั้งแรก (พ.ศ. 2511) เป็นเหตุให้คณะสงฆ์ร่วมกับกรมการศาสนาในนามของรัฐบาลไทย ได้จัดส่งพระภิกษุผู้สำเร็จการฝึกอบรมจากสำนักฝึกอบรมพระธรรมทูตไปต่างประเทศแล้วเป็นพระธรรมทูตออกไปช่วยฟื้นฟูพระพุทธศาสนาในอินโดนีเซียชุดแรก 4 รูป คือ
1. พระครูปลัดอรรถจริยานุกิจ (วิญญ์ วิชาโน) วัดบวรนิเวศวิหาร ต่อมาได้เลื่อนสมณศักดิ์ที่พระราชวราจารย์ ปัจจุบันมรณภาพแล้ว
2. พระครูปลัดสัมพิพัฒนวิริยาจารย์ (บุญเรือง ปุญฺญโชโต) วัดพระศรีมหาธาตุ ปัจจุบันคือพระธรรมเจติยาจารย์ เจ้าอาวาสวัดพระศรีมหาธาตุ บางเขน กรุงเทพฯ และกรรมการบริหารสำนักฝึกอบรมพระธรรมทูตไปต่างประเทศและเจ้าคณะภาค 9 ธรรมยุต
3. พระมหาประแทน เขททสฺสี วัดยานนาวา ไม่ทราบข้อมูลแน่ชัดว่าลาสิกขาหรือมรณภาพ
4. พระมหาสุชีพ เขมาจาโร วัดระฆังโฆษิตาราม ไม่ทราบข้อมูลแน่ชัดว่าลาสิกขาหรือมรณภาพ
พระธรรมทูตชุดนี้ออกเดินทางจากประเทศไทย เมื่อวันที่ 25 กรกฎาคม 2512 นับเป็นพระธรรมทูตที่สำเร็จการฝึกอบรมจากสำนักฝึกอบรมพระธรรมทูตไปต่างประเทศรุ่นแรก ที่ออก ไปปฏิบัติศาสนาในต่างประเทศ และประสบผลสำเร็จในการปฏิบัติศาสนกิจเป็นอย่างดียิ่ง (จากหนังสือ “พระศาสนกิจในต่างประเทศ” ของสมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก เมื่อครั้งที่ทรงสมณศักดิ์ที่ พระศาสนโศภณ พิมพ์เผยแพร่ใน “อนุสรณ์การบำเพ็ญกุศลอัฏฐิถวายพระราชวราจารย์ (วิญญ์ วิชาโน) อดีตผู้ช่วยเจ้าอาวาสวัดบวรนิเวศซิหาร และ หัวหน้าพระธรรมทูตไทยสายประเทศอินโดนีเซีย (27-28 กันยายน 2549) (หน้า 24)
พระธรรมเจติยาจารย์พระธรรมทูตรุ่นแรกที่เดินทางมายังประเทศอินโดนีเซียได้เมตตาเล่าให้ผู้ร่วมเดินทางไปประชุมพระพุทธศาสนาที่อินโดนีเซียครั้งแรกในช่วงการเดินทางจากย็อกจากาตาร์ไปยังศูนย์สมาธิภันเตวิญญ์ ถึงการเผยแผ่พระพุทธศาสนาในอินโดนีเซียในครั้งนั้นว่า “พอไปถึงอินโดนีเซียได้พักที่เจติยะเล็กๆแห่งหนึ่ง มีชาวพุทธมาสนทนาจำนวนมาก และชาวพุทธได้นิมนต์เพื่อให้ไปแสดงธรรมเทศนายังที่ต่างๆ ในพรรษาแรก ภันเตวิญญ์(พระราชวราจารย์)กับพระมหาสุชีพ ทำหน้าที่เผยแผ่พระพุทธศาสนาที่เจติยะ ส่วนผม(พระธรรมเจติยาจารย์)กับพระมหาประแทนได้เดินทางไปยังเมืองต่างๆเพื่อแสดงธรรม ในยุคแรกพูดได้เพียงภาษาอังกฤษ ต้องมีคนแปลเป็นภาษาอินโดนีเซียอีกทีหนึ่ง เรื่องที่เทศน์ก็เป็นเรื่องธรรมพื้นฐานเช่นการรักษาศีล บำเพ็ญสมาธิ และการบริจาคทาน คนที่ทำหน้าที่แปลส่วนมากมักจะเป็นข้าราชการซึ่งต้องทำงานตามเวลา หนักๆเข้าผมและพระมหาประแทนเลยต้องเริ่มเทศน์เป็นภาษาอินโดนีเซียซึ่งมีหลักไวยากรณ์คล้ายภาษาไทยมาก เมื่อได้ศัพท์ก็พูดได้”
พอเข้าพรรษาที่สองก็ไม่ต้องใช้ล่ามแปลอีกต่อไป ชาวพุทธที่นี่รู้ตัวเพียงว่าตนเองเป็นพุทธแต่ไม่รู้ว่าศาสนาพุทธสอนอะไร มีหลักปฏิบัติอย่างไร แต่พอได้ฟังการแสดงธรรมจึงทำให้รู้และเข้าใจมากขึ้น การเทศน์นั้นบางครั้งต้องเดินทางไกลมากจากเมืองหนึ่งไปยังอีกเมืองหนึ่งบางครั้งใช้เวลาทั้งวัน
การอุปสมบทพระภิกษุเถรวาทครั้งแรกในอินโดนีเซียนั้นมีข้อมูลจากหนังสือ “พระศาสนกิจในต่างประเทศ”ของสมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก เมื่อครั้งที่ทรงสมณศักดิ์ที่ พระศาสนโศภณ พิมพ์เผยแพร่ใน “อนุสรณ์การบำเพ็ญกุศลอัฏฐิถวายพระราชวราจารย์ (วิญญ์ วิชาโน) อดีตผู้ช่วยเจ้าอาวาสวัดบวรนิเวศซิหาร และ หัวหน้าพระธรรมทูตไทยสายประเทศอินโดนีเซีย (27-28 กันยายน 2549) ระบุว่า “ครั้น พ.ศ. 2513 พระชินรักขิต ผู้นำชาวพุทธในประเทศอินโดนีเซียขณะนั้น ได้อาราธนา พระสาสนโสภณ พร้อมด้วยคณะ คือ พระธรรมโสภณ (สนธิ์ กิจฺจกาโร ภายหลังได้เป็นที่ พระญาณวโรดม) วัดบวรนิเวศวิหาร, พระขันติปาโล (ลอเรนส์ มิลล์) วัดบวรนิเวศวิหาร, ม.ล. สุเจต นพวงศ์ ไวยาวัจกร, ออกไปให้การบรรพชาอุปสมบทแก่กุลบบุตร ณ ประเทศอินโดนีเซีย พระสาสนโสภณและคณะได้ออกเดินทางจากประเทศไทย เมื่อวันที่ 6 พฤษภาคม 2513
พระชินรักขิตอุปสมบทในประเทศพม่า เมื่อ 17 ปีที่แล้ว และเมื่อกลับไปประเทศของตนแล้ว ได้พยายามก่อตั้งคณะสงฆ์และพุทธสมาคมของฝ่ายฆราวาสขึ้น ก่อนแต่นี้พระพุทธศาสนาในอินโดเนเซีย มีอยู่เฉพาะวัดพระพุทธศาสนาฝ่ายมหายาน และพุทธศาสนิกชนส่วนใหญ่ก็เป็นชาวอินโดนีเซียเชื้อสายจีน ชาวพื้นเมืองมีอยู่จำนวนไม่มากที่ประกาศตนเองว่าเป็นชาวพุทธ และที่เรียกตนเองว่าเป็นชาวพุทธเหล่านี้ส่วนใหญ่เป็นผู้มีการศึกษาดี และได้เรียนรู้พระพุทธศาสนาผ่าน Theosophical Society หลังจากประเทศอินโดเนเซียได้รับอิรสะภาพ และในโอกาสฉลอง 25 พุทธศตวรรษ ชาวอินโดนีเซียเริ่มมาสนใจพระพุทธศาสนามากขึ้น และเริ่มหันกลับมานับถือพระพุทธศาสนาอันเป็นศาสนาดั้งเดิมของบรรพบุรุษของตน มีกลุ่มคนที่เรียกตนเองว่าเป็นชาวพุทธอยู่ตามภูเขาแต่พวกเขาก็รู้เรื่องคำสอนของพระพุทธศาสนาเพียงเล็กน้อย และต่อมาเมื่อชาวอินโดนีเซียถูกบังคับให้นับถือศาสนาโดยรัฐบาล (ผู้ไม่นับถือศาสนาถือว่าเป็นพวกคอมมิวนิสต์ ซึ่งถูกห้ามตามหลักการปฏิวัติใน พ.ศ. 2508) มีมุสลิมเพียงจำนวนน้อยประกาศตัวเองว่าเป็นชาวพุทธ