มีนักปราชญ์หลายท่านตั้งข้อสังเกตว่า พระพุทธศาสนามีลักษณะคล้ายกับวิทยาศาสตร์ เช่น สนใจศึกษาธรรมชาติยึดหลักของเหตุผล และท้าทายต่อการพิสูจน์ แต่หากจะพิจารณาให้รอบคอบ ก็น่าจะกล่าวในเชิงกลับกันมากกว่าว่าวิทยาศาสตร์มีลักษณะคล้ายกับพระพุทธศาสนา ทั้งนี้เพราะวิทยาศาสตร์เป็นศาสตร์ที่เพิ่งอุบัติขึ้นมาในโลกเพียงไม่กี่ร้อยปี ในขณะที่พระพุทธศาสนานั้นเกิดมาเกือบ 2600 ปีแล้ว หลักการของพระพุทธศาสนาและวิทยาศาสตร์เหมือนกัน คล้ายคลึงกัน หรือแตกต่างกันอย่างไร จะได้กล่าวถึงรายละเอียดต่อไป
วิทยาศาสตร์เป็นศาสตร์แห่งวัตถุ เพราะแบ่งธรรมชาติออกเป็นสองกลุ่มใหญ่ ไม่ว่าจะเป็นสิ่งมีชีวิต หรือสิ่งไม่มีชีวิต กล่าวคือ ทุกสรรพสิ่งย่อมประกอบด้วย 2 องค์ประกอบ คือ
1. องค์ประกอบที่เป็นสสาร คือส่านที่เป็นตัวตน ถ้ามีขนาดใหญ่พอก็จะจับตัวได้ กินเนื้อที่ มีมวล มีน้ำหนัก
2. องค์ประกอบที่เป็นพลังงาน คือส่วนที่ไม่อาจจะจับต้องได้ สามารถแปรเปลี่ยนได้ โดยอาจเปลี่ยนเป็น งาน ได้ เช่น พลังงานไฟฟ้า สามารถผ่านเข้าสู่มอเตอร์ขับเคลื่อนรถยนต์ได้
จากองค์ประกอบทั้ง 2 ประกอบนี้วิทยาศาสตร์สามารถอธิบายการเกิดปรากฎการณ์ต่างๆได้อย่างกว้างขวาง เช่นการที่อากาศร้อนอบอ้าวก่อนฝนตก เกิดจากการที่ก้อนเมฆ ซึ่งประกอบด้วยละอองน้ำ ซึ่งเป็นสสาร คายความร้อนแฝง ซึ่งเป็นพลังงาน ออกมา หรือการที่แสงอาทิตย์ ซึ่งเป็นพลังงาน ส่องกระทบใบไม้ ซึ่งมีสารสีเขียวเรียกว่า คลอโรฟิล จะก่อให้เกิดการเปลี่ยนแปลงขึ้น โดยใบไม้ จะสามารถดูดเอาก๊าซคาบอนไดอ๊อกไซด์ จากอากาศมารวมกับน้ำ แล้วแปรเปลี่ยนเป็นก๊าซอ๊อกซิเจนและแป้งซึ่งพืชใช้เป็นอาหารเรียกว่าสังเคราะห์แสง แนวความคิดเกี่ยวกับสสาร และพลังงานสามารถอธิบายปรากฎการณ์ใกล้ตัวเช่นการงอกของเมล็ดถั่ว ไปจนกระทั่งประสบการณ์ไกลตัว เช่นการเคลื่อนที่ของดวงดาวในจักรวาลได้
ยังมีปรากฎการณ์อีกเป็นอันมากที่วิทยาศาสตร์ไม่สามารถอธิบายได้ ซึ่งส่วนใหญ่เป็นเรื่องเกี่ยวกับชีวิตและจิตใจของมนุษย์ เช่นการเวียนว่ายตาย เกิด การระลึกชาติได้ กฎแห่งกรรม ทำดีได้ดี ทำชั่วได้ชั่ว การติดต่อกันโดยใช้พลังจิต การใช้พลังจิตเคลื่อนย้ายวัตถุ เป็นต้น
แต่ปรากฎการณ์เหล่านี้สามารถอธิบายได้ โดยอาศัยหลักการของพระพุทธศาสนา ซึ่งมีหลักการในปฏิจจสมุปบาทซึ่งเป็นกระบวนการแสดงเหตุและผลในพระพุทธศาสนา
ปฏิจจสมุปบาทจากพระไตรปิฏก
พระผู้มีพระภาคพุทธเจ้า แรกตรัสรู้ ประทับอยู่ ณ ควงไม้โพธิพฤกษ์ ใกล้ฝั่งแม่น้ำเนรัญชรา ในอุรุเวลาประเทศ. ครั้งนั้น พระผู้มีพระภาคประทับนั่งด้วยบัลลังก์เดียว เสวยวิมุตติสุข ณ ควงไม้โพธิพฤกษ์ตลอด 7 วัน และทรงมนสิการปฏิจจสมุปบาทเป็นอนุโลม และปฏิโลม ตลอดปฐมยามแห่งราตรี ว่าดังนี้:-
ปฏิจจสมุปบาท อนุโลม
เพราะอวิชชาเป็นปัจจัย จึงมีสังขาร เพราะสังขารเป็นปัจจัย จึงมีวิญญาณ
เพราะวิญญาณเป็นปัจจัย จึงมีนามรูป เพราะนามรูปเป็นปัจจัย จึงมีสฬายตนะ
เพราะสฬายตนะเป็นปัจจัย จึงมีผัสสะ เพราะผัสสะเป็นปัจจัย จึงมีเวทนา
เพราะเวทนาเป็นปัจจัย จึงมีตัณหา เพราะตัณหาเป็นปัจจัย จึงมีอุปาทาน
เพราะอุปาทานเป็นปัจจัย จึงมีภพ เพราะภพเป็นปัจจัย จึงมีชาติ
เพราะชาติเป็นปัจจัย จึงมีชรา มรณะ โสกะ ปริเทวะ ทุกข์ โทมนัส อุปายาส
เป็นอันว่ากองทุกข์ทั้งมวลนั่นย่อมเกิด ด้วยประการฉะนี้
ปฏิจจสมุปบาท ปฏิโลม
อนึ่ง เพราะอวิชชานั่นแหละดับโดยไม่เหลือด้วยมรรคคือวิราคะ สังขาร จึงดับ
เพราะสังขารดับ วิญญาณจึงดับ เพราะวิญญาณดับ นามรูปจึงดับ
เพราะนามรูปดับ สฬายตนะจึงดับ เพราะสฬายตนะดับ ผัสสะจึงดับ
เพราะผัสสะดับ เวทนาจึงดับ เพราะเวทนาดับ ตัณหาจึงดับ
เพราะตัณหาดับ อุปาทานจึงดับ เพราะอุปาทานดับ ภพจึงดับ
เพราะภพดับ ชาติจึงดับ เพราะชาติดับ ชรา มรณะ โสกะ ปริเทวะ ทุกข์ โทมนัส อุปายาส จึงดับ เป็นอันว่ากองทุกข์ทั้งมวลนั่นย่อมดับ ด้วยประการฉะนี้ (วิ.มหา.1/1/1)
ปฏิจจสมุปบาทจึงเป็นธรรมที่ลึกซึ้ง แม้แต่พระพุทธองค์ก็ต้องใช้เวลาพิจารณาถึงหนึ่งสัปดาห์ ธรรมะข้อนี้พระพุทธองค์ยังทรงเตือนสาวกว่าอย่าประมาทเมื่อพระอานนท์ ทูลถามว่าข้าแต่พระองค์ผู้เจริญ ก็จะควรเรียกว่า ภิกษุผู้ฉลาดในปฏิจจสมุปบาทด้วยเหตุอันใด ฯ
พระพุทธเจ้าตอบว่า "ดูกรอานนท์ ภิกษุในธรรมวินัยนี้ ย่อมรู้อย่างนี้ว่า เมื่อเหตุนี้มี ผลนี้จึงมี เพราะเหตุนี้เกิดขึ้น ผลนี้จึงเกิดขึ้น เมื่อเหตุนี้ไม่มี ผลนี้จึงไม่มี เพราะเหตุนี้ดับ ผลนี้จึงดับ คือทรงแสดงปฏิจจสมุปบาทแบบอนุโลมและแบบปฎิโลม (ม. อุปริ.14/244/164.)
พุทธพจน์ตรัสเตือนไว้ ไม่ให้ประมาทหลักปฏิจจสมุปบาท
พระอานน์เข้าใจว่าปฏิจจสมุปบาทง่าย แต่พระพุทธองค์มีพุทธพจน์ตรัสเตือนไว้ ไม่ให้ประมาทหลักปฏิจจสมุปบาทนี้ว่าเป็นหลักเหตุผลที่เข้าใจง่าย เพราะมีเรื่องที่พระอานนท์เข้าไปกราบทูลพระองค์ และพระองค์ได้ตรัสตอบ มีความดังนี้
"น่าอัศจรรย์ ไม่เคยมีมาเลยพระเจ้าข้า หลักปฏิจจสมุปบาทนี้ถึงจะเป็นธรรมลึกซึ้ง และปรากฏเป็นของลึกซึ้ง แต่ก็ยังปรากฏแก่ข้าพระองค์เหมือนเป็นธรรมง่ายๆ"
"อย่ากล่าวอย่างนั้น อย่ากล่าวอย่างนั้น อานนท์ ปฏิจจสมุปบาทนี้เป็นธรรมอันลึกซึ้ง และปรากฏเป็นของลึกซึ้ง เพราะไม่รู้ ไม่เข้าใจ ไม่แทงตลอดหลักธรรมข้อนี้แหละ หมู่สัตว์นี้จึงวุ่นวายเหมือนเส้นด้ายที่ขอดกันยุ่ง" (สํ.นิ. 16/224-5/110.)
ด้วยความลึกซึ้งดังที่พระพุทธองค์ยืนยันไว้ การอธิบายธรรมที่ลึกซึ้งจึงมีความยากที่จะทำให้ปุถุคนเข้าใจได้ มีพระอรรถกถาจารย์ พระฏีกาจารย์ หรือแม้แต่เกจิอาจารย์พยายามอธิบายไว้ จึงขอนำมาแสดงไว้ในที่นี่ด้วย